在独力执导电影之前，蔡明亮涉足于舞台剧、电影编剧、电视剧集的编导领域。20世纪80年代初至90年代初的10余年间，他编导的舞台剧有《速食炸酱面》、《房间里的衣柜》、《公寓春光外泄》，编剧的电影有《小逃犯》、《策马入林》、《阳春老爸》，编导的电视剧有《海角天涯》、《家佳福》和《不了情》。
这位出生于马来西亚，毕业于台湾中国文化大学影剧系的“游子”，在1992年完成他的电影导演处女作《青少年哪吒》，并从此影响国际影坛，成为台湾新人类电影的典范人物。
《青少年哪吒》（1992）是蔡明亮“水”三部曲的第一部。三部曲的贯穿人物小康（李康生饰）生长于一个市民家庭，父亲开出租车，母亲做电梯司机，他自己在上实习学校。影片的命意体现在母亲陆筱琳的一次求神占卜：巫师告诉他，她的儿子是哪吒再世，头上生着反骨。苗天和陆筱琳认为，小康的叛逆性格是哪吒式的“背父”而已。他们有所不知，小康的忤逆不仅仅是针对父权的，而且还是指向古老而传统的“男性”的：在隐秘的内心世界中，他爱恋着自己的同性。把男人“客体化”，是对男性本位的颠覆。尽管，在《青少年哪吒》中，这种力量还体现得相当隐约。
小康报复阿泽，毁坏他的摩托车，在车座上喷上“AIDS”的字样，明含蓄含着的内容是双重的：诅咒和暗恋。他还不敢认同自己的性取向，还在试图通过异性交友电话来尝试与异性进行交流。他失败了。阿泽与王渝文的爱情若即若离，像洪水之上的漂浮物，随时会被冲毁和颠覆，尽管，他们还紧抱在一起，试图抗拒和逃脱灭顶之灾。
进入《爱情万岁》（1994），蔡明亮的电影手法更明确，更干净，更坚定。这时的小康历经对自身同性恋性取向认同的困惑、自杀、自杀未遂之后，终于勇敢地穿上了女装，并且在阿泽熟睡的时候爬上他的床，吻了他。《爱情万岁》中的性别越界，还呈现在异性交往上：杨贵媚同陈昭荣（阿泽）的性交方式一概以杨贵媚采取主动姿态，陈昭荣处被动境界进行表演呈现，传统的男女关系在这里变位成女男关系。男性被女性“客体化”之后，阿泽和小康在一起吃了一顿火锅。这是全片惟一一个在“家”中双人共同进餐的场面，看起来，他们之间达成了隔膜之后的第一次默契。相比之下，杨贵媚则始终在吃街上的快餐和冰箱里的食物，始终没有触及“家”的感觉。
影片结尾，是两个加在一起足足有10分钟的长镜头：杨贵媚在台北7号公园的4分钟的行走和6分钟的哭泣。在电影时间中，这10分钟显得相当漫长。她没有理由哭泣，她又有充足的理由哭泣：当男人们相互爱恋或接纳之时，身为独立女性的她便只剩下孤独了。维系千年的异性恋文化在《爱情万岁》的时代已寿终正寝 。爱情万岁，既是对人类陈旧爱情模式的悼亡，又是对全新爱情内容的期许。仅就这部影片而言，蔡明亮所展示的新的爱情生命，无疑与同性爱有关。
《河流》（1996）中的苗天已呈现出老同性恋者的身分，母亲陆筱琳也有了外遇。小康依旧骑着电摩托，在充当临时演员扮演尸体之后得上了斜颈的怪病。陆筱琳还是在用咒符和祈求为儿子治病，阿泽已成为一个同性恋者，在街上引诱苗天，把他带进同性恋三温暖。如果说阿泽和苗天的关系所影射的是千年不坏的父子长幼的纲常伦乱，在台中的同性恋三温暖中小康与父亲的同性性关系，则更是对中国礼仪伦常的直接踢踏。
什么是人类或中国人的精神“河流”？那个流脉是否已经污浊、腐臭、充满毒菌？同性恋者是“天生”的，还是人类文化河流养育的鱼，大鱼生小鱼，返过头来又是大鱼吃小鱼？
“水”三部曲对水的影像有不同的处理与把持：《青少年哪吒》是阴雨，是脏水，地漏里反涌上来的脏水淹没了房间的地表，《爱情万岁》是浴缸里的水，是洗涤厕所的水，是泪水，《河流》是死腐的河水，再无其他。在蔡明亮眼中，现实没有清流，没有活水，阴雨和腐水构造着社会的体液，它的流通只能制造痛苦、隔离、怪病和抑郁。惟一洁净的是眼泪。它又是那样孤单而无关现实。
“水”是别一种批判现实主义。蔡明亮不放弃对现实、社会、人生、身体和文化的批判性关注。它严肃，令人回味无穷。
蔡明亮之前，台湾新电影独领风骚，杨德昌、候孝贤以关注台湾的历史、台湾人和大陆充满张力的关系而屹立影坛。蔡明亮的出现，猛然间把台湾电影的主题引上了后现代社会的当下现实。在蔡明亮的影片中，杨德昌候孝贤所挥之不去的“大陆情结”消失得无影无踪，历史的缺席使“水”三部曲中的人物处于无根状态。他们要么绝无背景，譬如阿泽、小林，要么背景模糊，譬如小康、苗天。中国社会一向看重的地位和身分，在蔡明亮的影片中丧失了原有的意义和作用。人和人的关联与冲突，不再简单来自地位，阶级，年龄，甚至性别。它似乎仅止来源于个体，个体与个体相遭逢、相碰撞，亲近或者远离。很显然，蔡明亮电影中的台湾和人物，已完全是一番崭新的风貌。